Gli scritti di Colombano possono essere raggruppati in quattro categorie: regole monastiche e penitenziali, lettere, sermoni, poesia.

Negli anni appena successivi alla fondazione del monastero di Luxeuil (593), Colombano sentì la necessità di dotare i suoi monasteri di una regola, in seguito all’aumento del numero dei monaci. Questa regola, molto rigida e severa, che arrivava a prevedere punizioni corporali mediante l’uso della verga, comprendeva altresì, per i monaci, l’obbligo di esercitarsi ogni giorno nello studium, portando così all’istituzione, nei suoi monasteri, di celebri scriptoria e ricche biblioteche.

La regola monastica diSsan Colombano si compone di due scritti: la Regula Monachorum e la Regula Cenobialis. Il primo è un trattato sulle virtù fondamentali del monaco con disposizioni principalmente spirituali, ed è diviso in dieci capitoli: obbedienza, silenzio, cibo e bevande, disprezzo dei beni terreni, ripudio della vanità, castità, preghiera, discrezione, mortificazione, perfezione del monaco. La Regula Cenobialis è formata da una lunga serie di capitoli relativi alle penitenze per le colpe dei monaci e ne disciplina la vita quotidiana all’interno del monastero.  Colombano scrisse inoltre il Paenitentiale.

Sono sei le lettere di San Colombano giunte fino a noi, indirizzate a Papa Gregorio Magno, ai vescovi francesi, a Papa Sabiniano o Bonifacio III, ai suoi monaci di Luxeuil, a Papa Bonifacio IV e  a un giovane discepolo. Questi scritti denotano la conoscenza da parte di San Colombano della retorica, contengono parole complesse e raffinatezze stilistiche.

Sull’autenticità dei sermoni ci sono pareri contrari. Alcuni studiosi ne mettono in dubbio la paternità, altri ritrovano in almeno tredici di essi i caratteristici tratti della scrittura di San Colombano, che li avrebbe composti per i suoi monaci, negli ultimi anni della sua vita, tra il 612 e il 615. I contenuti sono quelli di una vera e propria catechesi.

Le poesie attribuite a San Colombano sono sicuramente cinque, una sesta è incerta. Anche in queste si ritrova la sua formazione sui classici. Il tono è molto diverso dalle altre opere: Colombano si abbandona ai sentimenti umani mettendo da parte il suo lato intransigente e austero.