Il primitivo cenobio venne edificato da San Colombano nel 614 attorno all’antica chiesa di San Pietro, che sorgeva sul sito dove oggi è il castello malaspinano. La struttura era semplice e ricalcava il modello dei monasteri irlandesi, costituiti da capanne in legno, raccolte intorno ad una chiesa, circondati da una palizzata.
Nei secoli successivi alla morte di San Colombano, il monastero accrebbe la sua influenza religiosa, culturale e sociale sino a divenire uno dei più importanti centri monastici d’Europa, una sorta di Montecassino dell’Italia settentrionale; oltre ai vasti possedimenti che si estendevano in Emilia, Toscana, Liguria, sino al Lago di Garda, la sua fama era legata soprattutto alla presenza dello scriptorium e di una vasta biblioteca il cui catalogo, nel 982, comprendeva oltre 700 codici, tra cui alcuni dei manoscritti più antichi della letteratura latina esistenti al mondo.
Nonostante la potenza del monastero e le sue ricchezze, i monaci sottoposti alla regola colombaniana conducevano uno stile di vita austero, praticando il digiuno, pregando, lavorando e studiando tutti i giorni.
Alla fine dell’ XI secolo, per ospitare l’accresciuta comunità monastica, nonché i numerosi pellegrini che arrivavano da tutta Europa, si rese necessaria la costruzione di un monastero più ampio. L’opera fu compiuta durante il periodo dell’ abate Agilulfo, che decise di trasferire il complesso abbaziale nella posizione attuale. Il monastero era totalmente autosufficiente ed era dotato di numerosi ambienti di servizio: foresteria, mulini, laboratori, magazzini, forni, stalle, cantine, infermeria e “giardino dei semplici”, ossia un orto per la coltivazione di erbe medicinali.
Quando nel 1449 i benedettini subentrarono ai monaci colombaniani, radicali lavori di ristrutturazione ed ampliamento interessarono la basilica ed il monastero.
L’attuale complesso abbaziale risale, quindi, alla fine del XV- inizi XVI secolo: solo in parte è stata preservata la struttura dell’antica basilica protoromanica, di cui sono visibili un breve tratto dell’abside circolare, parte della torre campanaria e una porzione dello splendido pavimento a mosaico; del monastero del XI secolo è rimasta, invece solo la zona del refettorio, oggi occupata dal Museo della Città.
In epoca napoleonica l’Abbazia fu soppressa e molti dei suoi beni, compresi i preziosi codici vennero messi all’asta.
Oggi, ciò che resta dell’antico patrimonio dei codici bobbiensi, è conservato in varie biblioteche: la Biblioteca Ambrosiana di MIlano, la Biblioteca Vaticana di Roma, la Biblioteca Nazionale di Torino e altre.
Il chiostro e il corridoio dell’abbazia sono aperti tutti i giorni sino alle ore 20 nel periodo invernale e ore 22 nel periodo estivo.