L’attuale basilica fu costruita per opera dei monaci benedettini,  tra il 1456 ed il 1522, sopra i resti della chiesa conventuale del IX sec, causando l’interramento della pavimentazione recante il mosaico, oggi tornata alla luce, sebbene in parte. La facciata è caratterizzata da una commistione di stile romanico, gotico e rinascimentale, mentre il grande rosone è opera moderna; nella nicchia centrale si trova la statua di San Colombano, collocata nel 1965 in sostituzione della più antica- del XV secolo- ormai rovinata dal tempo e ora conservata al Museo dell’Abbazia. La parte inferiore della torre campanaria risale all’impianto originale del IX secolo, così come originali sono i resti della piccola abside circolare ancora visibili ai piedi della torre campanaria.

All’interno, sopra il portale d’accesso, si nota la scritta “ terribilis est locus iste “(questo luogo è terribile), stante ad indicare un luogo sacro da non profanare. La decorazione pittorica della navata centrale, datata attorno al 1526-1530, è opera di Bernardino Lanzani da San Colombano al Lambro, così come la splendida pala d’altare raffigurante la Madonna con il Bambino tra i Santi Benedetto e Caterina collocata nel transetto di sinistra. Al centro delle volte della navata centrale si possono ammirare medaglioni raffiguranti San Mauro, San Benedetto e San Placido. La volta centrale del transetto è invece dedicata a San Colombano (al centro) e a quattro dei suoi discepoli: San Suniberto, San Cuniberto, Sant’Allo e San Valcario. Nelle volte laterali vi sono i medaglioni di San Bertulfo e Sant’ Attala, immediati successori di Colombano nella conduzione del monastero di Bobbio. Sulla mezzaluna dell’arco di trionfo è raffigurato il Papa Gregorio Magno che approva la regola di San Benedetto. 

Il presbiterio è decorato da affreschi del 1710, opera di Francesco Natali. In alto possiamo vedere San Colombano portato in gloria dagli angeli e sulle pareti laterali due dei miracoli più famosi del Santo: a sinistra il monaco distrugge con un solo soffio un’anfora, simbolo delle eresie che devono essere combattute, a destra il miracolo dell’orso aggiogato al bue. In questi episodi  il Santo irlandese veste il saio nero dei benedettini per espresso volere dei committenti. Particolare attenzione meritano anche il coro ligneo e il lettorile, preziose opere di Domenico da Piacenza , datate 1488.

Scendendo in cripta, ad un livello intermedio, si può ammirare il pregevole mosaico che costituiva il pavimento della basilica di Agilulfo, venuto alla luce casualmente nel 1910 durante lavori di ristrutturazione della cripta. Il mosaico è  diviso in quattro fasce orizzontali: le prime due rappresentano episodi tratti dal Libro dei Maccabei, le altre, i mesi e i segni zodiacali. In cripta si trova il sarcofago che contiene i resti mortali di S. Colombano, opera realizzata dal maestro Giovanni de Patriarchi da Milano, nel 1480. Sulle pareti laterali, notiamo, invece, i sepolcri di Sant’ Attala e  San Bertulfo. Altra opera di grande pregio è senza dubbio la cancellata in ferro battuto, datata tra il IX e il XII secolo, che originariamente serviva per dividere la parte riservata ai fedeli da quella riservata ai monaci. E’ un’opera mirabile soprattutto per la realizzazione dei cosiddetti “nodi del diavolo”, particolari nodi doppi, di difficilissima realizzazione per quei tempi.

La basilica è aperta tutti i giorni con orario continuato.